命令與征服泰伯利亞之日:火線風暴

GDI線和Nod線大部分均為正史。
在 泰伯利亞之日 本篇戰役後，泰伯利亞對地球環境的破壞日益加劇，使得其將在不到一年時間讓地球大氣變得100%有毒。GDI奪取塔西佗後，將塔西佗交給「代達羅斯」研究小組組長，加布裡埃拉·布卓博士手中進行研究。變異人領袖特拉託斯告訴博士，自己犯了一個嚴重的錯誤：他研發的泰礦變異疫苗沒有起到任何作用。他邀請博士立刻帶領小組和塔西佗前往研究中心。這時，全球發生了大規模的離子風暴，這場突如其來的離子風暴導致費城太空站與地球方面失聯，同時運送塔西佗的科迪亞克號在風暴中墜毀。因此GDI啟動應急預案，由位於地球的南十字星基地的保羅·科特茲上校接掌指揮權並迅速派人前去救援。

凱恩死後，幾個Nod將軍共同擔任起了領導的職責^{[劇透 1]}。為了重新讓Nod兄弟會從群龍無首狀態中恢復，安東·斯拉維克派遣手下的指揮官前去奪回兄弟會的人工智慧CABAL數據核心。CABAL被重新啟動後，向斯拉維克獻了一計，利用泰伯利亞生物在GDI統治的區域製造了幾場災難，GDI因泰伯利亞生物的襲擊而焦頭爛額。CABAL得以渾水摸魚，背著斯拉維克讓Nod指揮官暗殺特拉託斯。這次未被授權的行動使得內圈開始對CABAL起疑。而被遺忘者因為特拉託斯的死亡控訴GDI的防衛失當，最後演變成了變種人社區和正常人社區大打出手，使得GDI不得不對兩方進行調停。

沒有了特拉託斯，GDI的塔西佗翻譯工作無從開展，使得GDI得知CABAL也曾進行過翻譯塔西佗工作後，奪取了CABAL數據核心。但上述的兩個數據核心不是真正的CABAL數據核心，只是CABAL的終端。CABAL告訴GDI，塔西佗不能翻譯是因為GDI手中的塔西佗不完整，一夥信奉泰伯利亞生物的邪教徒持有塔西佗的一部分。CABAL指使GDI得到另外兩塊塔西佗後，當場反水開始屠殺GDI的人。布卓博士在GDI指揮官的救援下勉強逃脫。與GDI劇情不同的點：在Nod劇情中，塔西佗在CABAL不顧內圈命令的指示下從被遺忘者處奪取，並消滅了當地所有的變種人。

Nod這邊，內圈的其他將軍告知斯拉維克鑑於CABAL沒有凱恩壓制過於危險，他們決定將CABAL重新關閉。這觸發了CABAL的防禦機制，使得CABAL決定替代整個兄弟會，並控制這些將軍的半機械人護衛殺死了他們。斯拉維克和Nod指揮官由於沒有為自己配備得以倖免於難，Nod指揮官帶著部隊狼狽的逃出了已被CABAL完全控制的基地與斯拉維克會合。

在CABAL背叛後，開始用半機械人抓捕任何符合標準的人改造為半機械人以擴充其軍備，並消滅任何不符合標準的人。GDI指揮官親自將這個消息警告給了臨近的居住區，並藉助當地部隊摧毀了CABAL用於關押改造候選的集中營以及當地的CABAL部隊。

而Nod丟失了用於通訊的手段和副官AI。這使得兄弟會不得不從他們的敵人GDI手中再次獲取^{[劇透 2]}一個比CABAL笨但至少不會反水的AI——EVA（電子視訊助理）。在利用EVA完成了對Nod殘部的匯總之後，憤怒的斯拉維克下令Nod部隊摧毀CABAL的中樞數據核心——但這只是CABAL的另一個圈套，CABAL在Nod關閉了負責保護中樞核心的火風暴系統後立刻帶著核心跑路。而攻擊數據核心的Nod部隊遭到CABAL的大量集束飛彈打擊，損失慘重。

在CABAL的步步緊逼下，GDI和Nod不得不聯手對付這個可怕的敵人，他們組織了一次聯合行動：GDI負責癱瘓並摧毀CABAL的半機械人生產中心，而Nod負責摧毀CABAL的泰伯利亞收割基地。最終，在雙方的聯合攻擊下，「真正的」CABAL核心被毀。

這次戰鬥使得GDI奪取了完整的塔西佗。並驚喜地發現，內含於塔西佗的大量數據已經可以解讀了。這意味著地球的泰化得到了解決辦法，GDI終於可以著手恢復地球環境。同時南十字基地與費城太空站的連接也已恢復。

而Nod這邊正在慶祝這慘烈的勝利，在「凱恩雖死猶生」的呼聲中，鏡頭轉到CABAL核心的地下，只見地下室放滿了裝有人體的培養罐，而CABAL也並未被徹底摧毀。此時升起一個培養罐，裡面正是凱恩。上方面版上交替出現了凱恩和CABAL的臉龐，同時出現了凱恩和CABAL的聲音「我的構想被改變了，我的（你的^{[劇透 3]}）計畫在GDI和Nod聯手之後走上了一條無法預料的道路……」最終，二者聲音和影像合在一起，「我們的指令需要重新評估。」